Présidé par Yves Fournel, Adjoint au Maire de Lyon, il réunit une fois par an l'ensemble des partenaires de Cap Canal pour déterminer les orientations stratégiques de la chaîne.
Le comité de pilotage assure également la fonction de comité éditorial des magazines de l'éducation (Cap Infos, Allée de l'enfance, Cap Sup) en fixant les grands thèmes à aborder au cours de l'année scolaire à venir.

Composition du comité 

Jacques Aubry,
Inspecteur d'Académie,
Jean-Paul Pétinarakis,
Inspecteur d'Académie Adjoint,
Michel Vincendon,
Président de la SAEML Loire Télé - TL7,
Claude Baudoin,
Directeur du CRDP de l'Académie de Lyon, 
Dominique Senore,
Directeur de Cabinet de Régis Bernard, Directeur de l'IUFM de Lyon, 
Yves-Armel Martin,
Chargé de mission TICE pour le Département du Rhône,
Paul Bron,
Adjoint au Maire de Grenoble, chargé de l'Education,
Arnaud Polaillon,
Secrétaire Général de Numericable,
Jean-François Benevise,
Directeur Général Adjoint des Services en charge de la Délégation aux Affaires Sociales, Education, Petite Enfance - Ville de Lyon,
Françoise Gouttenoire,
Directrice de l'Education - Ville de Lyon,
Bernard Meyrand,
Responsable de la Mission Projet Educatif Local - Ville de Lyon,
Lionel Collet, 
Président du Pôle de Recherche et d'Enseignement Supérieur de Lyon,  
Isabelle Guérin,
Chargée de mission d’Yves Fournel, Adjoint au Maire de Lyon
Philippe Meirieu,
Directeur de Cap Canal
Nathalie Berguerand,
Directrice adjointe de Cap Canal.